Pour réaliser une décoction, les parties de plantes sont, si nécessaire, coupées et fractionnées, puis placées dans l'eau froide.
Le mélange est porté à ébullition et maintenu à température pendant une durée variable, généralement entre cinq et quinze minutes, puis il refroidit avant d'être filtré.

La décoction ne doit pas être confondue avec :
- l'infusion, dans laquelle la préparation est plongée dans l'eau bouillante mais qu'on ne maintient pas à ébullition, comme pour la préparation du thé
- la macération, dans laquelle la préparation n'est pas portée à ébullition, mais plongée dans l'eau froide.

Les tisanes peuvent être obtenues par infusion, décoction ou macération selon le type de matières végétales utilisées. La décoction permet une extraction des principes actifs plus complète que l'infusion mais certaines molécules peuvent être dégradées au cours du chauffage à ébullition (on parle alors de molécules thermolabiles).